Tribunal de Disciplina
El Tribunal de Disciplina es el encargado de conocer, juzgar y sancionar en distintos niveles las infracciones a los Estatutos, Reglamentos y Bases de las competencias que cometan los clubes asociados.
La entidad está dividida en dos Salas, con siete y cinco miembros respectivamente.
La Primera Sala la preside don Ángel Botto Oakley y su Secretario es don Exequiel Segall Glisser. Además la integran don Marcelo Bottai, don Carlos Cepeda, don Alejandro Musa, don Hugo Muñoz y don Álvaro Ramírez.
El Presidente de la Segunda Sala es don Juan Aguad, y está integrada además por don Hugo Guerra (Secretario), don Stéfano Pierola, don Jorge Aguilar y don Raúl Ahumada.
Tribunal de Asuntos Patrimoniales
Es la instancia encargada de conocer y juzgar los conflictos de carácter patrimonial que se originen entre clubes, o entre éstos y la ANFP. Se constituye como un tribunal arbitral y está compuesto por cinco miembros, que son elegidos por el Consejo de Presidentes.
Los actuales miembros de la comisión son su Presidente, don Héctor Humeres Noguer, don Percival Ecclefeld Barbera, don Sergio Sapag Pérez, don Pablo Guerrero Valenzuela y don Fernando Rabat Célis.
Tribunal de Honor
Este Tribunal es el encargado de conocer y fallar sobre las faltas a la ética deportiva que pudieran cometer los dirigentes de la Institución o alguno de sus clubes afiliados.
Para que los Presidentes, Vicepresidentes y Presidentes de la Rama de Fútbol de los clubes sean juzgados por el Tribunal de Disciplina, es necesario que este organismo entregue su autorización.
El Tribunal de Honor asesora también al Directorio y el Consejo de Presidentes en diversas materias. Actualmente está integrado por don Luis Hermosilla, don Hugo Rivera, don Eustaquio Martínez, don Eugenio Evans y don Lisandro Serrano.